神社的前身很可能是個簡單的祭壇，有要祭祀的時候才搭建，結束後拆掉
神社的本殿裡面有什麼？
本殿是神明待著的地方，有時候也會稱作正殿，是最神聖的地方，然後這扇門通常是鎖起來，外人無法窺探裡面有什麼。不過，也是有例外的喔。例如奈良的大神神社（おおみわじんじゃ）就沒有本殿的配置，據說大神神社是日本最古老的神社，以其後的三輪山為御神體祭祀，那麼大，可是沒辦法蓋本殿給神明住呀。三輪山是神明降臨到來的地方，是神社最初的形態，至今三輪山的一部分依然是人們不可以進入的禁地。（可以預約登山）
大神神社主要祭祀「大物主神（おおものぬしのおおかみ）」
以前的日本人認為神明不會一直都待在同樣的地方，只有在祭祀期間才請祂們過來。這個時候，神明會寄宿在美麗的樹木、山或是岩石等物體上。根據神明依附的物體不同，會有不同的稱呼，寄宿在樹木的話，就稱為神木（しんぼく）、神籬（ひもろぎ）；山，就稱為神奈備或神體山；岩石的話則稱為磐座或磐境。
神奈備並不限於山或森林使用，有神憑依的島嶼海岬也可以使用此稱呼。不僅只是三輪山，出雲自古就有被稱為神奈備（かむなび・かんなび・かみなび）的山。
神木、山還有神社，就常會看到由注連繩圍起來的巨木。福岡的沖之島上祭祀遺跡和熊野的神倉神社的「ゴトビキ岩」就是有名的盤座。 但是，神木不一定是指有神明依附的樹木，神木也會用來稱呼和神社有緣的樹木、有名的樹或是古樹。
神倉神社。圖片來源：Wikipedia
從臨時的祭壇到固定的地點
很久很久以前，要祭祀神明時，就會在這些樹木、山或岩石設置臨時的祭壇來迎接與送迎神明。以前臨時的設置的祭壇會隨著祭祀結束後一起撤走，但慢慢的發展成固定的建物的神社。 因此，神社裡祭祀的神就稱為祭神。而受祭祀的神明所在的地方就是本殿，在正殿裡有著神體。
神明會依附在神體上，也就是御靈代（みたましろ）。鏡子、劍、勾玉等是一般常見的神體，除此之外，樹木或是石頭…等也可以是神體。神體會安置在本殿內的神座上。
一般會在本殿之前提供能夠祈願的地方，也就是所謂的拜殿（拝殿＝はいでん）。但不一定要有，像是伊勢神宮或是春日大社就沒有拜殿。 會有拜殿的原因是以前人們會在屋外祭祀神明，因而留下來的名稱。
然後規模比較大的神社，在本殿與拜殿之間會有稱為幣殿（へいでん）的建築物，裡面放有各種祭祀神明所需的物品。
參考資料